Δομικής & Λειτουργικής Βιοχημείας

Ερευνητικά προγράμματα κατά την περίοδο 2015-2020

1. «ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΤΩΝ ΥΠΟΔΟΜΩΝ ΕΡΕΥΝΑΣ ΚΑΙ ΚΑΙΝΟΤΟΜΙΑΣ» The National Research Infrastructures on integrated biology, drug screening efforts and drug target functional characterization – INSPIRED-Thessaly, Φορέας Χρηματοδότησης: Υπουργείο Ανάπτυξης, και Επενδύσεων. Διάρκεια 2017-2021, Συντονιστής: Δ.Δ. Λεωνίδας Συμμετέχοντες: Β. Σκαμνάκη. Website: https://www.inspired-ris.gr/
2. ΕΛΙΔΕΚ για Ενίσχυση Μεταδιδακτορικών Ερευνητών, Odorant Degrading Enzymes as molecular targets for controlling the olive fruit fly’s behavior (ODEsOFF) Διάρκεια: 2020-2023, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Χ. Δράκου, Συμμετέχοντες Δ.Δ. Λεωνίδας & Β. Σκαμνάκη.
3. «ΕΔΒΜ-103: ΥΠΟΣΤΗΡΙΞΗ ΕΡΕΥΝΗΤΩΝ ΜΕ ΕΜΦΑΣΗ ΣΤΟΥΣ ΝΕΟΥΣ ΕΡΕΥΝΗΤΕΣ-ΚΥΚΛΟΣ Β’» Κατευθυνόμενος από τη δομή σχεδιασμός ρυθμιστών της γλυκογονόλυσης με στόχο την ανάπτυξη νέων θεραπευτικών μέσων. Φορέας Χρηματοδότησης: Υπουργείο Ανάπτυξης και Επενδύσεων. Διάρκεια 2020-2021, Συντονιστής: Δ.Δ. Λεωνίδας, Αναπληρωτής Συντονιστής: Α.-Μ. Ψαρρά
4. «ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΤΩΝ ΥΠΟΔΟΜΩΝ ΕΡΕΥΝΑΣ ΚΑΙ ΚΑΙΝΟΤΟΜΙΑΣ» Synthetic Biology: From omic technologies to genomic engineering (OMIC-Engine), Φορέας Χρηματοδότησης: Υπουργείο Ανάπτυξης και Επενδύσεων. Διάρκεια 2017-2021, Συμμετέχοντες: Δ.Δ. Λεωνίδας. Website: https://www.omicengine.com/
5. «ΕΔΒΜ-103: ΥΠΟΣΤΗΡΙΞΗ ΕΡΕΥΝΗΤΩΝ ΜΕ ΕΜΦΑΣΗ ΣΤΟΥΣ ΝΕΟΥΣ ΕΡΕΥΝΗΤΕΣ-ΚΥΚΛΟΣ Β’» Διερεύνηση του ρόλου της πολυ(Α)-εξειδικευμένης ριβονουκλεάσης στην κιρκάδια γονιδιακή έκφραση. Φορέας Χρηματοδότησης: Υπουργείο Ανάπτυξης και Επενδύσεων. Διάρκεια 2020-2021, Συντονιστής: Ν.Α.Α. Μπαλατσός
6. Ελληνική Πνευμονολογική Εταιρεία: Ερευνητική Υποτροφία «MicroRNAs that modulate deadenylase expression in lung cancer». Συντονιστής: Ν.Α.Α. Μπαλατσός
7. Ελληνική Πνευμονολογική Εταιρεία: Ερευνητική Υποτροφία «Studies on the biological significance of deadenylases in lung cancer». Συντονιστής: Ν.Α.Α. Μπαλατσός
8. Επιχειρησιακό Πρόγραμμα: «Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα και Καινοτομία» (ΕΠΑνΕΚ), ΕΣΠΑ 2014 – 2020, ”MilkSafe”. Υπουργείο Ανάπτυξης και Επενδύσεων. Συμμετέχων: Ν.Α.Α. Μπαλατσός

Προηγούμενα ερευνητικά έργα

Παρουσιάζονται 15 ενδεικτικές δημοσιεύσεις από την περίοδο 2015-2020

1. Alexandris N, Lagoumintzis G, Chasapis CT, Leonidas DD, Papadopoulos GE, Tzartos SJ, Tsatsakis A, Eliopoulos E, Poulas K, Farsalinos K (2021) Nicotinic cholinergic system and COVID-19: In silico evaluation of nicotinic acetylcholine receptor agonists as potential therapeutic interventions. Toxicol Rep. 8:73-83
2. Kyriakis E, Karra AG, Papaioannou O, Solovou T, Skamnaki VT, Liggri PGV, Zographos SE, Szennyes E, Bokor É, Kun S, Psarra AG, Somsák L, Leonidas DD (2020) The architecture of hydrogen and sulfur σ-hole interactions explain differences in the inhibitory potency of C-β-d-glucopyranosyl thiazoles, imidazoles and an N-β-D glucopyranosyl tetrazole for human liver glycogen phosphorylase and offer new insights to structure-based design. Bioorg Med Chem.28(1):115196.
3. Beta RAA, Kyritsis A, Douka V, Papanastasi E, Rizouli M, Leonidas DD, Vlachakis D, Balatsos NAA. Biochemical and in silico identification of the active site and the catalytic mechanism of the circadian deadenylase HESPERIN (2020). FEBS Open Bio. doi: 10.1002/2211-5463.13011
4. Drakou C, Gardeli C, Tsialtas I, Alexopoulos S, Mallouchos A, Koulas S, Tsagkarakou A, Asimakopoulos D, Leonidas D, Psarra AG, Skamnaki VT (2020) Affinity Crystallography Reveals Binding of Pomegranate Juice Anthocyanins at the Inhibitor Site of Glycogen Phosphorylase: The Contribution of a Sugar Moiety to Potency and Its Implications to the Binding Mode J. Agric. Food Chem. 68 (37), 10191-10199.
5. Chetter BA, Kyriakis E, Barr D, Karra AG, Katsidou E, Koulas SM, Skamnaki VT, Snape TJ, Psarra AG, Leonidas DD, Hayes J.M. (2020) Synthetic flavonoid derivatives targeting the glycogen phosphorylase inhibitor site: QM/MM-PBSA motivated synthesis of substituted 5,7-dihydroxyflavones, crystallography, in vitro kinetics and ex-vivo cellular experiments reveal novel potent inhibitors. Bioorg Chem. 102:104003.
6. Karra AG, Tziortziou M, Kylindri P, Georgatza D, Gorgogietas VA, Makiou A, Krokida A, Tsialtas I, Kalousi FD, Papadopoulos GE, Papadopoulou KΚ, Psarra AG. (2020) Boswellic acids and their derivatives as potent regulators of glucocorticoid receptor actions. Arch Biochem Biophys. 695:108656.
7. Tsialtas I, Gorgogietas VA, Michalopoulou M, Komninou A, Liakou E, Georgantopoulos A, Kalousi FD, Karra AG, Protopapa E, Psarra AG. (2020) Neurotoxic effects of aluminum are associated with its interference with estrogen receptors signaling. Neurotoxicology. 77:114-126.
8. Giannopoulou P.C., Missiri D.A., Kournoutou G.G., Sazakli E., Papadopoulos G.E., Papaioannou D., Dinos G.P., Athanassopoulos C.M., Kalpaxis D.L. (2019) New chloramphenicol derivatives through the glasses of anticancer and antimicrobial activity. Antibiotics 8(1),9
9. Karra AG, Konstantinou M, Tzortziou M, Tsialtas I, Kalousi FD, Garagounis C, Hayes JM, Psarra AG.(2019) Potential Dissociative Glucocorticoid Receptor Activity for Protopanaxadiol and Protopanaxatriol. Int J Mol Sci. 20(1):94.
10. Kun S, Begum J, Kyriakis E, Stamati ECV, Barkas TA, Szennyes E, Bokor É, Szabó KE, Stravodimos GA, Sipos Á, Docsa T, Gergely P, Moffatt C, Patraskaki MS, Kokolaki MC, Gkerdi A, Skamnaki VT, Leonidas DD, Somsák L, Hayes JM. (2018) A multidisciplinary study of 3-(beta-d-glucopyranosyl)-5-substituted-1,2,4-triazole derivatives as glycogen phosphorylase inhibitors: Computation, synthesis, crystallography, and kinetics reveal new potent inhibitors. Eur J Med Chem. 147:266-278.
11. Beta RAA, Balatsos NAA. (2018) Tales around the clock: Poly(A) tails in circadian gene expression. Wiley Interdiscip Rev RNA. 2018: e1484. doi: 10.1002/wrna.1484.
12. Chatzileontiadou DSM, Tsika AC, Diamantopoulou Z, Delbé J, Badet J, Courty J, Skamnaki VT, Parmenopoulou V, Komiotis D, Hayes JM, Spyroulias GA, Leonidas DD. (2018) Evidence for Novel Action at the Cell-Binding Site of Human Angiogenin Revealed by Heteronuclear NMR Spectroscopy, in silico and in vivo Studies. ChemMedChem. 13(3):259-269.
13. Gorgogietas VA, Tsialtas I, Sotiriou N, Laschou VC, Karra AG, Leonidas DD, Chrousos GP, Protopapa E, Psarra AG. (2018) Potential interference of aluminum chlorohydrate with estrogen receptor signaling in breast cancer cells. J Mol Biochem. 7(1):1-13.
14. Chatzileontiadou DSM, Samiotaki M, Alexopoulou AN, Cotsiki M, Panayotou G, Stamatiadi M, Balatsos NAA, Leonidas DD, Kontou M. (2017) Proteomic Analysis of Human Angiogenin Interactions Reveals Cytoplasmic PCNA as a Putative Binding Partner. J Proteome Res. 16(10):3606-3622
15. Antonopoulos D, Balatsos NAA, Gourgoulianis KI. (2017) Cancer’s smart bombs: tumor-derived exosomes target lung epithelial cells triggering pre-metastatic niche formation. J Thorac Dis. 9(4):969-972.
16. Floros S., Liakopoulou-Kyriakides M., Karatasos K., Papadopoulos G.E. (2017) Frequency Dependent Non- Thermal Effects of Oscillating Electric Fields in the Microwave. Region on the Properties of a Solvated Lysozyme System: A Molecular Dynamics Study. PLOS ONE | DOI:10.1371/journal.pone.0169505
17. Delis C, Krokida A, Tomatsidou A, Tsikou D, Beta RA, Tsioumpekou M, Moustaka J, Stravodimos G, Leonidas DD, Balatsos NA, Papadopoulou KK (2016). AtHESPERIN: a novel regulator of circadian rhythms with poly(A)-degrading activity in plants. RNA Biol. 13(1):68-82
18. Georgatza D, Gorgogietas VA, Kylindri P, Charalambous MC, Papadopoulou KK, Hayes JM, Psarra AG. The triterpene echinocystic acid and its 3-O-glucoside derivative are revealed as potent and selective glucocorticoid receptor agonists. (2016) Int J Biochem Cell Biol. 79:277-287.
19. Begum J, Skamnaki VT, Moffatt C, Bischler N, Sarrou J, Skaltsounis AL, Leonidas DD, Oikonomakos NG, Hayes JM. (2015). An evaluation of indirubin analogues as phosphorylase kinase inhibitors. J Mol Graph Model.61:231-42.
20. Maragozidis P., Papanastasi E., Scutelnic D., Totomi A., Kokkori I., Zarogiannis S.G., Kerenidi T., Gourgoulianis K.I., Balatsos N.A.A. (2015). Poly(A)-specific ribonuclease and Nocturnin in squamous cell lung cancer: prognostic value and impact on gene expression. Mol Cancer. 14: 187.
21. Floros S., Liakopoulou Kyriakides M., Karatasos K., Papadopoulos G.E. (2015) Detailed study of the dielectric function of a lysozyme solution studied with molecular dynamics simulations. Eur Biophys J 44(8), 599-611.

Full publication list

1. Αλεξόπουλος Σεραφείμ: «Βιοχημικές μελέτες ρύθμισης του μεταβολισμού των υδατανθράκων». Επιβλέπουσα: Β. Σκαμνάκη (σε εξέλιξη)
2. Γεωργαντόπουλος Αχιλλέας: «Υποδοχείς στεροειδών ορμονών: χαρακτηρισμός των βιοχημικών μηχανισμών ρύθμισης της δράσης τους». Επιβλέπουσα: Α-Μ. Ψαρρά (σε εξέλιξη)
3. Τσαγκαράκου Αναστασία: «Η δομική βάση αναγνώρισης υδατανθράκων από ανθρώπινες γαλεκτίνες». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2023)
4. Κούλας Συμεών: «Δομικές και λειτουργικές μελέτες φωσφορυλασών των α-γλυκανών». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2023)
5. Καλούση Φωτεινή: «Χαρακτηρισμός βιολογικών δράσεων προϊόντων φυτικής προέλευσης». Επιβλέπουσα: Α-Μ. Ψαρρά (2023)
6. Καραγιώργου Αικατερίνη: «Μελέτη νέων αυτοαντισωμάτων ως βιοδείκτες αυτοάνοσων νευρολογικών νοσημάτων». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2024)
7. Τσιάλτας Ιωάννης: «Βιοχημικός χαρακτηρισμός μηχανισμών ρύθμισης των υποδοχέων οιστρογόνων». Επιβλέπουσα: Α-Μ. Ψαρρά (2023)
8. Αντωνόπουλος Διονύσιος: «Βιοχημικός χαρακτηρισμός εναλλακτικών μεταγράφων της πολύ(Α) εξειδικευμένης ριβονουκλεάσης και διερεύνηση του ρόλου της στο μεσοθηλίωμα». Επιβλέπων: Ν. Μπαλατσός (2023)
9. Παπαϊωάννου Όλγα: «Η λειτουργία της ανθρώπινης αγγειογενίνης στην αγγειογένεση». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2022)
10. Μπέτα Ραφαηλία: «Ένζυμα αποικοδόμησης mRNA και ο ρόλος τους σε διαταραχές του ημερονύκτιου ρυθμού στον άνθρωπο». Επιβλέπων: Ν. Μπαλατσός (2022)
11. Σολοβού Θεοδώρα: «Βιοχημικές μελέτες στην ομόλογη κινάση της κινάσης της συνθάσης του γλυκογόνου από το Lotus japonicus». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2022)
12. Κυρίτσης Αθανάσιος: «Διαφορική έκφραση καρκινικών δεικτών σε νοσήματα του πνεύμονα». Επιβλέπων: Ν. Μπαλατσός (2023)
13. Κυριάκης Ευθύμιος: «Βιοχημικές μελέτες στο μεταβολισμό του γλυκογόνου». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2020)
14. Καρρά Αικατερίνη: «Διερεύνηση των μηχανισμών δράσης του υποδοχέα γλυκοκορτικοειδών. Ημισυνθετικά και φυτικής προέλευσης στεροειδή ως εν δυνάμει επιλεκτικοί αγωνιστές του υποδοχέα». Επιβλέπουσα: Α-Μ. Ψαρρά (2019)
15. Στραβοδήμος Γεώργιος: «Βιοχημικές μελέτες ενζύμων του μεταβολισμού του γλυκογόνου». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2018)
16. Γοργογιέτας Βύρων: «Οι υποδοχείς οιστρογόνων ως ρυθμιστές της παθοφυσιολογίας του κυττάρου». Επιβλέπουσα: Α.-Μ. Ψαρρά (2018)
17. Στυλιανός Φλώρος: «Μελέτη της συμπεριφοράς των πρωτεϊνών σε εναλλασσόμενο ηλεκτρικό πεδίο με προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής». Επιβλέπων: Γ. Παπαδόπουλος (2017)
18. Χατζηλεοντιάδου Δήμητρα: «Βιοχημικές μελέτες στην ανθρώπινη Αγγειογενίνη». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2016)
19. Καντσάδη Αναστασία: «Η φωσφορυλάση του γλυκογόνου ως μοριακός στόχος σχεδιασμού νέων εν δυνάμει υπογλυκαιμικών φαρμάκων». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2015)
20. Καρούλια Ζωή: «Λειτουργική και δομική μελέτη του παράγοντα von Willebrand και ο ρόλος του στις επιμέρους αντιδράσεις αιμόστασης». Επιβλέπων: Δ. Λεωνίδας (2011)

• Αξιολόγηση μορίων για αντιυπεργλυκαιμική ή αντιοιστρογόνα δράση.
• Προσδιορισμός πρωτεϊνικών δομών και συμπλόκων του με μικρά μόρια με κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ.
• Παραγωγή λειτουργικώ κατ’ απαίτηση μακρομορίων τόσο από φυσικά όσο και από μη φυσικά δομικά στοιχεία.
• Μελέτες σχεδιασμού καινοτόμων τροφίμων – Εύρεση καινοτόμων τεχνικών παρασκευής και συντήρησες ασφαλών τροφίμων.
• Έλεγχος ποιότητας τροφίμων – Οργανοληπτικός έλεγχος.