Βιοτεχνολογίας Φυτών & Περιβάλλοντος

Ερευνητικά προγράμματα κατά την περίοδο 2017-2022

1. MSCA-IAPP-FP7, Pesticides – Felicity or curse for the soil microbes (LOVE-TO-HATE). Φορέας Χρηματοδότησης: Ευρωπαϊκή Επιτροπή, Διάρκεια: 2013 –2016, Συντονιστής: Δ. Καρπούζας, Website: http://lovetohate.bio.uth.gr/
2. FP7 European Projects KBBE, Triterpenoid For Commercialization, A pipeline for the discovery, sustainable production and commercial utilization of known and novel high-value triterpenes with new or superior biological activities (TRIFORC) Διάρκεια: 2014 – 2017, Συμμετέχων: Κ. Παπαδοπούλου. Website: http://www.triforc.eu/
3. MSCA-IF-Η2020, Exploring microbial networking in pesticides biodegradation: novel inocula and biocatalysts for biodepuration of agro-industrial effluents (EMIGRATE). Φορέας Χρηματοδότησης: Ευρωπαϊκή Επιτροπή, Διάρκεια 2017-2019, Υπότροφος: Δρ Σ. Βασιλειάδης, Συντονιστής: Δ. Καρπούζας, Website: http://emigrate.bio.uth.gr
4. MSCA-IF-H2020 RNA sprays as a tool for crop improvement and protection (RNASTIP), Φορέας Χρηματοδότησης: Ευρωπαϊκή Επιτροπή, Διάρκεια: 2018-2020, Υπότροφος: Δρ. Α. Δαλακούρας, Συντονιστής: Κ. Παπαδοπούλου, Website: http://rnastip.bio.uth.gr/
5. ΕΡΕΥΝΩ-ΔΗΜΙΟΥΡΓΩ-ΚΑΙΝΟΤΟΜΩ, Ανάπτυξη νέων καινοτόμων βιολογικών συστημάτων για την επεξεργασία υγρών αποβλήτων επιβαρυμένων με γεωργικά φάρμακα από μεταποιητικές αγροτικές βιομηχανίες (MINOTAUR). Φορέας Χρηματοδότησης: ΕΥΔΕ-ΕΤΑΚ, Διάρκεια 2018-2021, Συμμετέχων: Δ. Καρπούζας. Website: https://www.minotaurproject.gr/el/
6. ΕΜΒΛΗΜΑΤΙΚΗ ΔΡΑΣΗ Οι Δρόμοι των Αμπελώνων, Διάρκεια 2018-2021, Φορέας Χρηματοδότησης: ΓΓΕΤ. Συμμετέχων: Δ. Καρπούζας και Κ. Παπαδοπούλου
7. ΕΛΙΔΕΚ για Ενίσχυση Μεταδιδακτορικών Ερευνητών, Looking up for novel nitrification inhibitors: New stories with old compounds (NITRIC).Διάρκεια: 2018-2021, Επικεφαλής ΦΥ: Δ. Καρπούζας, Website: http://nitric.bio.uth.gr
8. «ΕΝΙΣΧΥΣΗ ΤΩΝ ΥΠΟΔΟΜΩΝ ΕΡΕΥΝΑΣ ΚΑΙ ΚΑΙΝΟΤΟΜΙΑΣ» Synthetic Biology: From omic technologies to genomic engineering (OMIC-Engine), Φορέας Χρηματοδότησης: Υπουργείο Ανάπτυξης, Οικονομίας και Τουρισμού. Διάρκεια 2017-2021, Συμμετέχοντες: Κ. Παπαδοπούλου & Δ. Καρπούζας. Website: https://www.omicengine.com/
9. «ΕΡΕΥΝΩ-ΔΗΜΙΟΥΡΓΩ-ΚΑΙΝΟΤΟΜΩ» Δημιουργία μικτών μικροβιακών εμβολίων στην Πελοπόννησο για παραγωγή κηπευτικών, πολλαπλασιαστικού υλικού, υδροπονία και ενισχυμένα υποστρώματα ανάπτυξης. Διάρκεια 2018-2021, Συμμετέχων: Κ. Παπαδοπούλου
10. ΕΜΒΛΗΜΑΤΙΚΗ ΔΡΑΣΗ Οι Δρόμοι της Ελιάς, Φορέας Χρηματοδότησης: ΓΓΕΤ. Διάρκεια 2018-2021, Συμμετέχων: Κ. Παπαδοπούλου και Δ. Καρπούζας. Website: https://dromoielias.gr/en/
11. PRIMA, Section2 (2019-2022) Innovative tools to combat crop pests in the Mediterranean (INTOMED), Φορέας Χρηματοδότησης: ΓΓΕΤ, Συντονιστής: Κ. Παπαδοπούλου. Website: https://intomed.bio.uth.gr/
12. MSCA-ITN-H2020 The European Industry – Academia Network for RevIsing and Advancing the Assessment of the Soil Microbial TOxicity of Pesticides (ARISTO). Διάρκεια 2020-2024, Συντονιστής Δ. Καρπούζας. Website: https://aristo.bio.uth.gr
13. ΕΛΙΔΕΚ για Ενίσχυση Μεταδιδακτορικών Ερευνητών, INteractions of Veterinary antibiotics with soil microorganisms: exploiting microbial degradation to avert Environmental contamination and ResisTance dispersal (INVERT). Διάρκεια: 2021-2023, Επιστημονικός Υπεύθυνος: Σ. Βασιλειάδης Website: https://invert.bio.uth.gr
14. SFS-21-2020 – B, RIA-H2020, MIcro- and NAno-Plastics in AGRIcultural Soils: sources, environmental fate and impacts on ecosystem services and overall sustainability (MINAGRIS), Διάρκεια 2021-2026, Επιστημονικός Συντονιστής: Δ. Καρπούζας. Website: www.minagris.eu

Παρουσιάζονται 15 ενδεικτικές δημοσιεύσεις από την περίοδο 2017-2022

1. Papazlatani C., Kolovou M., Azis K., Mavriou S., Testebasis S., Ntougias S., Karpouzas D.G., (2022) Isolation, characterization and industrial application of a Cladosporium herbarum strain able to degrade the fungicide imazalil. Environmental Pollution 301:119030
2. Bekris F., Vasileiadis S., Papadopoulou E., Samaras A., Testembasis S., Gkizi D., Tavlaki G., Tzima A., Paplomatas E., Markakis E., Karaoglanidis G., Papadopoulou K.K., Karpouzas D.G., (2021) Grapevine wood microbiome analysis identifies key fungal pathogens and potential interactions with the bacterial community implicated in grapevine trunk disease appearance. Environmental Microbiome 16: 23 https://doi.org/10.1186/s40793-021-00390-1
3. Dalakouras A, Wassenegger M, Dadami E, Ganopoulos I, Pappas MI, Papadopoulou KK (2020) Genetically modified organism free RNA interference: Exogenous application of RNA molecules in plants. Plant Physiology 182, 1–13
4. Storck V., Gallego-Blanco S., Vasileiadis S., ……, Karpouzas D.G., Martin-Laurent F. (2020) Insights into the function and horizontal transfer of isoproturon degrading pdmAB genes in a biobed system. Applied and Environmental Microbiology 86(14), e00474
5. Gruden K, Lidoy J, Petek M, Podpečan V, Flors V, Papadopoulou KK et al., (2020) Ménage à trois: unraveling the mechanisms regulating plant–microbe–arthropod interactions. Trends in Plant Science 25(12): 1215-1226
6. Skiada V., Avramidou M., Bonfante P., Genre A., Papadopoulou KK (2020) An endophytic Fusarium–legume association is partially dependent on the common symbiotic signalling pathway. New Phytologist 226: 1429-1444
7. Petrou M., Karas P.A., Vasileiadis S., …… Karpouzas D.G., (2020) Irrigation of radish (Raphanus sativus L.) with microcystin-enriched water holds low risk for plants and their associated rhzisopheric and epiphytic microbiome. Environmental Pollution 266: 115208
8. Papadopoulou E.S., Bachtsevani E., Lampronikou E., Adamou E., Katsaouni A., Vasileiadis S., Thion C., Menkissoglou-Spiroudi U., Nicol G.W., Karpouzas D.G, (2020) Comparison of novel and established nitrification inhibitors relevant to agriculture on soil ammonia- and nitrite oxidizing isolates. Frontiers in Microbiology 11: 2795
9. Perruchon C., Vasileiadis S., Papadopoulou ES., Karpouzas D.G., (2020) Genome-based metabolic reconstruction unravels the key role of B12 in methionine auxotrophy of an ortho-phenylphenol-degrading Sphingomonas haloaromaticamans. Frontiers in Microbiology 10 https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.03009
10. C Garagounis, D Tsikou, PK Plitsi, IS Psarrakou, M Avramidou, ..Papadopoulou KK (2019) Lotus SHAGGY‐like kinase 1 is required to suppress nodulation in Lotus japonicus. The Plant Journal 98 (2), 228-242
11. Kavroulakis N., Tsiknia M., Ipsilantis I., …… Karpouzas D.G., Papadopoulou K., Ehaliotis C. (2020) Arbuscular mycorrhizal fungus inocula from coastal sand dunes arrest olive cutting growth under salinity stress. Mycorrhiza 30:475–489
12. Tsikou D, Ramirez EE, Psarrakou IS, Wong JE, Jensen DB, Isono E, Radutoiu S, Papadopoulou KK (2018) A Lotus japonicus E3 ligase interacts with the Nod factor receptor 5 and positively regulates nodulation. BMC Plant Biology 18:217
13. Tsikou D, Yan Z, Holt D.B., et al., (2018) Systemic control of legume susceptibility to rhizobial infection by a mobile microRNA. Science 362(6411): 233-236
14. Vasileiadis, S., Brunetti, G., Marzouk, E., (…), Lombi, E., Donner, E. (2018) Silver Toxicity Thresholds for Multiple Soil Microbial Biomarkers. Environmental Science and Technology 52:8745-8755
15. Vasileiadis S., Puglisi E., Papadopoulou E.S., Pertile G., Suciu N., Papolla, A., Tourna M., Karas P.A., ….. Karpouzas D.G (2018) Blame it on the metabolite: 3,5-dichloraniline rather than the parent compound iprodione induces strong effects on the diversity and function of soil microorganisms. Applied Environmental Microbiology 84(22): e01536-18

1. Alexandre Pedrinho: Study of the toxicity of biopesticides on the soil microbial community Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας
2. Anna Manukyan: Study of the toxicity of pesticide on natural assemblages of arbuscular mycorrhizal fungi. Επιβλέπων: K. Papadopoulou
3. Χρήστος Παπαδόπουλος: Μελέτη των μηχανισμών τοξικότητας των γεωργικών φαρμάκων στους Δενδρόμορφους Μυκορριζικούς Μύκητες σε διάφορα επίπεδα πειραματικής πολυπλοκότητας. Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας
4. Λουκία Κελλάρη: Μελέτη των επιγενετικών μεταβολών στα φυτά Lotus japonicus και Nicotiana benthamiana plants, ύστερα από τον αποικισμό από τον ωφέλιμο ενδοφυτικό μύκητα FsK. Επιβλέπων: Κ. Παπαδοπούλου
5. Όλγα Τσιούρη: Συγκριτική και λειτουργική γονιδιωματική ανάλυση των αλληλεπιδράσεων φυτών – ενδοφυτικών μυκήτων. Επιβλέπων: Κ. Παπαδοπούλου
6. Στάθης Λαγός: Η βιοπαδόμησης κτηνιατρικών φαρμάκων ως μέθοδος ανάσχεσης της περιβαλλοντικής ρύπανσης Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας
7. Μαριάνα Αβραμίδου: Η δράση και ο μηχανισμός που χρησιμοποιείται από ενδοφυτικούς μύκητες στην προώθηση της φυτικής ανάπτυξη και άμυνας στα ψυχανθή. Επιβλέπουσα: Κ. Παπαδοπούλου
8. Ελένη Παπαδοπούλου: Μελέτη του ρόλου του μικροβιώματος τοπικών ποικιλιών αμπελιού και της οινοποίησης στην ποιότητα των τελικών οινικών προϊόντων. Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας
9. Ελένη Κατσίβελου: Περιβαλλοντική τύχη και αλληλεπιδράσεις μεταξύ κτηνιατρικών αντιβιοτικών και μικροοργανισμών του εδάφους: Ανθεκτικότητα, βιοαποδόμηση ή οικοτοξικότητα; Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας
10. Μαρία Φέκα: Ευεργετικοί μικροοργανισμοί και φυσικά μεταβολικά προϊόντα ως νέα εργαλεία στην ενίσχυση της αντοχής των φυτών σε συνθήκες καταπόνησης. Επιβλέπουσα: Κ. Παπαδοπούλου
11. Χριστίνα Παπαζλατάνη: Μελέτη της αποτελεσματικότητας και μικροβιολογίας συστημάτων βιοκλινών που δέχονται υγρά απόβλητα από αγροτο-βιομηχανίες επιβαρυμμένα με γεωργικά φάρμακα Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας (2022)
12. Αθανασία Κατσούλα: Μελέτη της λειτουργίας και ποικιλότητας της μικροβιακής κοινότητας στην φυλλόσφαιρα και ριζόσφαιρα φυτών και αλληλεπιδράσεις με το περιβάλλον Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας (2019)
13. Κωνσταντίνα Ρουσίδου: Μελέτη της δυναμικής γονιδίων που εμπλέκονται στην αποδόμηση οργανοφωσφορικών και καρβαμιδικών γεωργικών φαρμάκων Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας (2019)
14. Βασιλική Σκιαδά: Ενδοφυτικοί Μύκητες στις ρίζες των φυτών: πρότυπα αποικισμού και μηχανισμοί δράσης προστασίας σε συνθήκες αβιοτικών και βιοτικών καταπονήσεων. Επιβλέπουσα: Κ. Παπαδοπούλου (2019)
15. Παναγιώτης Καράς: Βιολογική επεξεργασία αγροτοβιομηχανικών υγρών αποβλήτων επιβαρυμένων με γεωργικά φάρμακα, Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας (2016)
16. Chiara Perruchon: Μελέτη των μοριακών μηχανισμών στην αποτοξικοποίηση μυκητοκτόνων που περιέχονται σε υγρά απόβλητα αγροτικής προέλευσης, Επιβλέπων: Δ. Καρπούζας (2014)
17. Κατσαρού Δήμητρα: Βιοσύνθεση και ρύθμιση του μεταβολισμού των γλυκοσινολικών οξέων στο φυτό Εruca sativa. Επιβλέπουσα: Κ. Παπαδοπούλου (2013)
18. Αφροδίτη Κροκιδά: Bιοσύνθεση και ρόλος των τριτερπενοειδών στην ανάπτυξη και λειτουργία της ρίζας και των φυματίων στο ψυχανθές φυτό-μοντέλο Lotus japonicus Επιβλέπουσα: Κ. Παπαδοπούλου (2013)
19. Ιωάννα Μύρτζιου: Ο ρόλος του νιτρικού οξέος στο αντιοξειδωτικό σύστημα φυτών Medicago truncatula. Επιβλέπουσα: Κ. Παπαδοπούλου (2012)

• Προσδιορισμός του μικροβιώματος (βακτηρίων και μυκήτων) σε δείγματα εδάφους, φυτών, τροφίμων μέσω μεθόδων ομικής ανάλυσης.
• Εκτίμηση του φορτίου των εδαφογενών φυτοπαθογόνων μυκήτων σε αγροτικά εδάφη με την χρήση διαγνωστικών μεθόδων PCR πραγματικού χρόνου.
• Αξιολόγηση της περιβαλλοντικής τύχης γεωργικών φαρμάκων στο πλαίσιο της εκτιμησης επικινδυνότητας (enviromental risk assessment).