Μοριακής Βιολογίας και Γονιδιωματικής

Ερευνητικά προγράμματα κατά την περίοδο 2015-2020

• 2013-2019: Coordinated Research Project της International Atomic Energy Agency με τίτλο: “Comparing Rearing Efficiency and Competitiveness of Sterile Male Strains Produced by Genetic, Transgenic or Symbiont-Based Technologies”.
• 2017-2019: Ενίσχυση Μεταδιδακτόρων Ερευνητών/τριών – Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών ΙΚΥ, Υποτροφία εκπόνησης μεταδιδακτορικής έρευνας με τίτλο: «Συνθετικό CRISPR/Cas9 σύστημα τεμαχισμού του χρωμοσώματος Χ για τον γενετικό έλεγχο του δάκου της ελιάς».
• 2018-2021: Ενίσχυση του ανθρώπινου ερευνητικού δυναμικού μέσω της υλοποίησης διδακτορικής έρευνας – Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών ΙΚΥ «Καταπολέμηση του κουνουπιού τίγρη μέσω χορήγησης ειδο-ειδικών μορίων dsRNA».
• 2018-2020: «Οι Δρόμοι της Ελιάς», Εθνικό ερευνητικό δίκτυο στην αλυσίδα αξίας της «Ελιάς».
• 2018-2020: BioRoboost: Fostering Synthetic Biology standardisation through international collaboration. Πρόγραμμα Η2020-NMBP-TR-IND-2018-2020 / BIOTEC-01-2018 (CSA), Project ID 210491758.
• 2018-2021: Πράξη «Synthetic Biology: From omics technologies to genomic engineering (OMIC-ENGINE)» (MIS 5002636), Πρόγραμμα Εθνικής Ερευνητικής Υποδομής στη Συνθετική Βιολογία.
• 2019-2020: Ίδρυμα Fondation Santé: «Ενίσχυση της Βιοϊατρικής Έρευνας στην Ελλάδα»
• 2019-2024: Coordinated Research Project της International Atomic Energy Agency με τίτλο: «Ιsolation of Genetic Markers towards the Development Generic Methods for the Construction of Genetic Sexing Strains for Sterile Insect Technique (SIT) Applications».

Παρουσιάζονται 15 ενδεικτικές δημοσιεύσεις από την περίοδο 2015-2021

• Tsoumani KT, Drosopoulou E, Bourtzis K, Gariou-Papalexiou A, Mavragani-Tsipidou P, Zacharopoulou A, Mathiopoulos KD (2015) Achilles, a new family of transcriptionally active retrotransposons from the olive fruit fly, with Y chromosome preferential distribution. Plos One 10(9): e0137050. doi: 10.1371/journal.pone.0137050.
• Giakountis A, Moulos P, Zarkou V, Oikonomou C, Harokopos V, Hatzigeorgiou A, Reczko M and Hatzis P (2016). A positive regulatory loop between a Wnt-regulated non-coding RNA and ASCL2 controls intestinal stem cell fate. Cell Reports 15: 2588-2596. doi: 10.1016/j.celrep.2016.05.038
• Giakountis A, Moulos P, Sarris M, Hatzis P, and Talianidis I (2016). Smyd3-associated regulatory pathways in cancer. Seminars in Cancer Biology pii: S1044-579X(16)30041-4. https://10.1016/j.semcancer.2016.08.008
• Sarris ME, Moulos P, Haroniti A, Giakountis A, and Talianidis I (2016). Smyd3 Is a Transcriptional Potentiator of Multiple Cancer-Promoting Genes and Required for Liver and Colon Cancer Development. Cancer Cell 29, 354-366. doi: 10.1016/j.ccell.2016.01.013
• Sagri E, Koskinioti P, Gregoriou M-E, Tsoumani KT, Bassiakos YC & Mathiopoulos KD (2017) Housekeeping in Tephritid insects: the best gene choice for expression analyses in the medfly and the olive fly. Scientific Reports 7, 45634; doi: 10.1038/srep45634.
• Zacharopoulou A, Augustinos AA, Drosopoulou E, Tsoumani KT, Gariou-Papalexiou A, Franz G, Mathiopoulos KD, Bourtzis K, Mavragani-Tsipidou. (2017) More than 30 years of cytogenetic studies of Tephritidae in support of Sterile Insect Technique and global trade. Entomologia Experimentalis et Applicata. DOI: 10.1111/eea.12616.
• Meccariello A, Salvemini M, Primo P, Hall B, Koskinioti P, Dalikova M, Gravina A, Gucciardino MA, Forlenza F, Gregoriou ME, Ippolito D, Monti SM, Petrella V, Perrotta MM, Schmeing S, Ruggiero A, Scolari F, Giordano E, Tsoumani KT, Marec F, Windbichler N, Nagaraju J, Arunkumar KP, Bourtzis K, Mathiopoulos KD, Ragoussis J, Vitagliano L, Tu Z, Papathanos PA, Robinson MD, Saccone G (2019). Maleness-on-the-Y (MoY) orchestrates male sex determination in major agricultural fruit fly pests. Science AAAS, 365 (6460): 1457-1460 DOI: 10.1126/science.aax1318.
• Giakountis A, (2018) “CRISPRing or RISKing? Dangers arising from gene editing with CRISPR-Cas9” Medicinal and Analytical Chemistry International journal 2,1-4. doi: 10.23880/macij-16000114.
• Tsoumani ΚΤ, Meccariello Α, Mathiopoulos KD and Papathanos PA (2019). Developing CRISPR-based sex-ratio distorters for the genetic control of fruit fly pests: A how-to manual. Arch Insect Biochem Physiol 103, e21652; doi: 10.1002/arch.21652.
• Begolli E, Sideris N, and Giakountis A (2019). LncRNAs as chromatin regulators in cancer: From molecular function to clinical potential. Cancers 11(10), 1524. doi: 10.3390/cancers11101524
• Bayega A, Djambazian H, Tsoumani KT, … Mathiopoulos KD, Ragoussis J (2020). De novo assembly of the olive fruit fly (Bactrocera oleae) genome with linked-reads and long-read technologies minimizes gaps and provides exceptional Y chromosome assembly. BMC Genomics 21(1), 259; https://doi.org/10.1186/s12864-020-6672-3.
• Tsoumani KT, Belavilas-Trovas A, Gregoriou M-E, Mathiopoulos KD (2020). Anosmic flies: what Orco silencing does to olive fruit flies. BMC Genetics 21,140; https://doi.org/10.1186/s12863-020-00937-0.
• Gregoriou M-E, Mathiopoulos KD (2020). Knocking down sex peptide receptor by dsRNA feeding results in reduced oviposition rate in olive fruit flies. Arch Insect Biochem Physiol 104(2), e21665; https://doi.org/10.1002/arch.21665.
• Gregoriou M-E, Reczko M, Kakani EG, Tsoumani KT, Mathiopoulos KD (2021). Decoding the reproductive system of the olive fruit fly, Bactrocera oleae. Genes 12, 355. https://doi.org/10.3390/genes12030355
• Bayega A, Oikonomopoulos S, Gregoriou M-E, Tsoumani KT, Giakountis A, Wang YC, Mathiopoulos KD, Ragoussis J (2021). Nanopore long-read RNA-seq and absolute quantification delineate transcription dynamics in early embryo development of an insect pest. Sci Rep 11, 7878 (2021). https://doi.org/10.1038/s41598-021-86753-7.

1. Κακάνη Ευδοξία: (2009) «Μοριακή ανάλυση γονιδιακών τόπων που εμπλέκονται στο μηχανισμό ανάπτυξης της ανθεκτικότητας στα εντομοκτόνα του σημαντικότερου παράσιτου της ελιάς, του εντόμου Bactrocera oleae».
2. Τσουμάνη Κωνσταντίνα: (2012) «Μοριακή ανάλυση της οργάνωσης του γονιδιώματος του σημαντικότερου παράσιτου της ελιάς, του εντόμου Bactrocera oleae».
3. Σαγρή Ευθυμία: (2015) «Τρανσκριπτομική και πρωτεομική ανάλυση του σημαντικότερου παράσιτου της ελιάς, του εντόμου Bactrocera oleae, με έμφαση συστήματα φυλοκαθορισμού και ανθεκτικότητας στα εντομοκτόνα».
4. Ζυγουρίδης Νικόλαος: (2016) «Ανάλυση πληθυσμών του σημαντικότερου παράσιτου της ελιάς, του εντόμου Bactrocera oleae, με χρήση μοριακών δεικτών».
5. Γρηγορίου Μαρία-Ελένη: (2018) « Τρανσκριπτομική ανάλυση του αναπαραγωγικού συστήματος του δάκου της ελιάς, Bactrocera oleae, με στόχο καινοτόμους μεθόδους ελέγχου του εντόμου».
6. Κοσκινιώτη Παναγιώτα: (σε εξέλιξη) «Εντοπισμός, χαρακτηρισμός και εφαρμογές πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs) της μύγας της Μεσογείου, Ceratitis capitata»
7. Μπελαβίλας-Τροβάς Αλέξανδρος: (σε εξέλιξη) «Έλεγχος εντομολογικών εχθρών μέσω χορήγησης ειδο-ειδικών μορίων dsRNA».
8. Μπεγκόλι Ελένη-Ροντιόλα: (σε εξέλιξη) «Μελέτη των ρυθμιστικών αλληλεπιδράσεων μεταξύ lncRNA και μεταγραφικών παραγόντων στον καρκίνο»
9. Κατσιαμάνη Λευκοθέα: (σε εξέλιξη) «Μελέτη μη-κωδικών RNA μεταγράφων που εμπλέκονται στη μετασυζευκτική συμπεριφορά κουνουπιών Aedes albopictus»
10. Σπανομήτρου Αντωνία: (σε εξέλιξη) «Δημιουργία στελεχών γενετικού διαχωρισμού φύλου σε έντομα της οικογένειας Tephritidae»