Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία και στον Προγραμματισμό

Αρχική E Πρόγραμμα & Οδηγός Σπουδών E Εισαγωγή στην Υπολογιστική Βιολογία και στον Προγραμματισμό

ΒΒ6813
Θεωρία: 1 ώρα/εβδομάδα | Εργαστήρια: 2 ώρες/εβδομάδα

Μαθησιακά αποτελέσματα

Οι θεματικές ενότητες του μαθήματος έχουν σαν στόχο:

Την κατανόηση βασικών εννοιών του Προγραμματισμού και της Υπολογιστικής Βιολογίας, σε βάθος που αντιστοιχεί στο γνωστικό αντικείμενο των φοιτητών.
Την απόκτηση βασικών δεξιοτήτων στην συγγραφή προγραμμάτων σε γλώσσα PERL (εντός περιβάλλοντος Linux) για υπολογιστικό χειρισμό του μεγάλου όγκου δεδομένων.
Να αποκτήσουν οι φοιτητές βασικές γνώσεις της επίλυσης βιολογικών προβλημάτων μέσω προγραμματισμού ηλεκτρονικών υπολογιστών

Ενότητα 1η

Εισαγωγή στις βασικές έννοιες του Προγραμματισμού και της Υπολογιστικής Βιολογίας.
Επανάληψη των βασικών εννοιών του Linux και της δομής του συστήματος.
Εντολές του
Shell scripts.

Ενότητα 2η

Εισαγωγή στην γλώσσα προγραμματισμού PERL – Σύνταξη & Λογική της γλώσσας.
Δομικά μπλοκ της Perl (Μεταβλητές και τελεστές), έλεγχος ροής προγράμματος, βρόγχοι (If – While).
Δομικά μπλοκ της Perl (Μεταβλητές και τελεστές), έλεγχος ροής προγράμματος, βρόγχοι (for).
Στοίβες δομικών μπλοκ: Πίνακες.
Στοίβες δομικών μπλοκ: Κατατεμαχισμοί (Hashes).
Συμφωνία προτύπων (Regular expressions).
Εφαρμογές της Perl στην ανάλυση μοριακών δεδομένων: Ανάλυση ακολουθιών.
Εφαρμογές της Perl στην ανάλυση μοριακών δεδομένων: Αναζήτηση, Οργάνωση και παρουσίαση δεδομένων σε πίνακες.
Επανάληψη της ύλης – συζήτηση

Η επίδοση στο μάθημα αξιολογείται με βάση την εξέταση στον υπολογιστή, με λύση προβλημάτων και συγγραφή κώδικα (100%).

Σημειώσεις Μαθήματος σε μορφή powerpoint & videos εργαστηριακών ασκήσεων.