Δομική Βιοχημεία
Θεωρία: 2 ώρες/εβδομάδα | Εργαστήρια: 2 ώρες/εβδομάδα | Μονάδες ECTS: 5
Περιεχόμενο – Σκοπός του μαθήματος
Το μάθημα «ΔΟΜΙΚΗ ΒΙΟΧΗΜΕΙΑ» έχει ως στόχο να παρέχει στους φοιτητές το απαραίτητο θεωρητικό υπόβαθρο για τη βαθύτερη κατανόηση της δομής των πρωτεϊνών και να τους εισάγει στις βασικές αρχές διαφόρων τεχνικών προσδιορισμού της τρισδιάστατης δομής πρωτεϊνών. Το μάθημα αποτελείται από δύο μέρη.
Το πρώτο μέρος εισάγει τους φοιτητές στη συστηματική μελέτη της δομής διαφόρων πρωτεϊνικών οικογενειών με σκοπό να κατανοήσουν την αρχιτεκτονική της πρωτεϊνικής δομής και πως αυτή σχετίζεται με τη λειτουργία των πρωτεϊνών αλλά και να γνωρίσουν κοινά δομικά χαρακτηριστικά και μοτίβα μεταξύ διαφορετικών πρωτεϊνών.
Το δεύτερο μέρος εισάγει τους φοιτητές στις βασικές αρχές της κρυσταλλογραφίας ακτίνων Χ, του πυρηνικού μαγνητικού συντονισμού και της ηλεκτρονικής μικροσκοπίας που σήμερα αποτελούν τις πλέον ευρέως χρησιμοποιούμενες μεθόδους προσδιορισμού της τρισδιάστατης δομής των πρωτεϊνών, με στόχο την κατανόηση τόσο σε θεωρητικό όσο και σε πρακτικό επίπεδο των τεχνικών αυτών ως εργαλείων εύρεσης της πρωτεϊνικής δομής και προσδιορισμού των αλληλεπιδράσεων των πρωτεϊνών με μικρά μόρια όπως φυσικά υποστρώματα, ρυθμιστές και φάρμακα.
Αναλυτικό Περίγραμμα του Μαθήματος
- Δομικοί λίθοι και μοτίβα πρωτεϊνικής δομής
- Πρωτεϊνικές δομές τάξης α
- Πρωτεϊνικές δομές τάξης α/β
- Πρωτεϊνικές δομές τάξης β
- Αναδίπλωση πρωτεϊνών
- Κρυστάλλωση πρωτεϊνών
- Κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ: βασικές αρχές και μέθοδοι
- Διαδικασία επίλυσης και βελτιστοποίησης κρυσταλλικών δομών
- Πυρηνικός μαγνητικός συντονισμός
- Ηλεκτρονική μικροσκοπία
Εργαστηριακές Ασκήσεις
- Κρυστάλλωση λυσοζύμης
- Αναζήτηση και ανάλυση ακολουθιών πρωτεϊνών
- Εξοικείωση με τη διεθνή βάση πρωτεϊνικών δομών
- Οικοδόμηση και ανάλυση πρωτεϊνικού μοντέλου
Τρόπος Αξιολόγησης
Η επίδοση στο μάθημα αξιολογείται με α) γραπτές και προφορικές εξετάσεις στο εργαστηριακό κομμάτι του μαθήματος και β) γραπτή εξέταση στο θεωρητικό κομμάτι του μαθήματος κατά την εξεταστική περίοδο. Η επιτυχής επίδοση στις εργαστηριακές εξετάσεις είναι απαραίτητη προϋπόθεση για την κατοχύρωση του βαθμού της θεωρητικής εξέτασης.
Προτεινόμενα Συγγράμματα
- Εισαγωγή στη Δομή των Πρωτεϊνών. Carl Branden & John Tooze.
- Μία μη μαθηματική εισαγωγή στην κρυσταλλογραφία πρωτεϊνών. Νικόλαος Γλυκός
Εκπαιδευτικό Υλικό / E-class
Διδάσκοντες
Γεώργιος Στραβοδήμος (Υπεύθυνος)
Δημήτριος Λεωνίδας
Βασιλική Σκαμνάκη
