Βιοπληροφορική

Αναλυτικό Περίγραμμα του Μαθήματος

Ενότητα 1η: Βάσεις δεδομένων και αναζήτηση ομόλογων ακολουθιών.

• Εισαγωγή – Η Βιοπληροφορική ως εργαλείο και ερευνητικό πεδίο
• Βάσεις Δεδομένων.
• Στιγμοπίνακες (Dotplots). Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (pairwise alignment) – Δυναμικός Προγραμματισμός / Ευρετικές Μέθοδοι.
• Αναζήτηση ομόλογων ακολουθιών (BLAST / PSI-BLAST).
• Εφαρμογές αναζήτησης ομόλογων ακολουθιών (BLAST / PSI-BLAST).

Ενότητα 2η: Φυλογενετική ανάλυση

• Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών / Motifs / profiles / HMMs – Αλγόριθμοι και εφαρμογές.
• Εισαγωγή στις βασικές έννοιες της φυλογένεσης
• Αλγόριθμοι φυλογένεσης
• Εφαρμογές – παραδείγματα φυλογένεσης.

Ενότητα 3η: Aνάλυση ομικών δεδομένων

• Γονιδιωματική – Τεχνολογίες αλληλούχισης νέας γενιάς (Next Generation Sequencing) – ανάλυση δεδομένων – εφαρμογές.
• Λειτουργική γονιδιωματική – Τεχνολογίες – ανάλυση δεδομένων – εφαρμογές.
• Μηχανική μάθηση.
• Επανάληψη της ύλης – συζήτηση/απορίες.

Εργαστηριακές Ασκήσεις

• Βάσεις δεδομένων
• Αναζήτηση ομόλογων ακολουθιών με το Blast – Πολλαπλή στοίχιση και φυλογένεση

Τρόπος Αξιολόγησης

Η επίδοση στο μάθημα αξιολογείται με βάση την γραπτή εξέταση στο θεωρητικό και εργαστηριακό κομμάτι του μαθήματος. Οι φοιτητές μπορούν να επιλέξουν είτε μία τελική εξέταση κατά την εξεταστική περίοδο (100%) είτε δύο προόδους (50% + 50%).

Προτεινόμενα Συγγράμματα

• Bioinformatics & Functional Genomics (3rd Edition Wiley-Blackwell, 2015) – Jonathan
  
• Andreas D. Baxevanis & B.F. Francis Quellette. Βιοπληροφορική: Ένας πρακτικός οδηγός για την ανάλυση γονιδίων και πρωτεΐνών.
• Σοφία Κοσσίδα. Βιοπληροφορική – Δυνατότητες & Προοπτικές.
• Υπολογιστική Βιολογία, Χριστόφορος Νικολάου.
• Βιοπληροφορική. Παντελεήμων Μπάγκος.

Εκπαιδευτικό Υλικό / E-class

https://eclass.uth.gr/courses/BIO_U_111/