Βιοφυσική
Θεωρία: 3 ώρες/εβδομάδα | Εργαστήρια: 2 ώρες/εβδομάδα | Μονάδες ECTS: 5
Περιεχόμενο – Σκοπός του μαθήματος
Το μάθημα αυτό διδάσκεται στο έκτο εξάμηνο σπουδών στους φοιτητές του τμήματος Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας. Περιλαμβάνει παραδόσεις τριών ωρών/εβδομάδα καθώς και πέντε δίωρες εργαστηριακές ασκήσεις. Στο πλαίσιο των παραδόσεων οι φοιτητές εξοικειώνονται τόσο με τις φυσικές αρχές που διέπουν την συγκρότηση και λειτουργία των βιολογικών μακρομορίων και των βιολογικών μεμβρανών, όσο και με τις αρχές των σπουδαιοτέρων βιοφυσικών μεθόδων (θεωρητικών και πειραματικών). Απαιτούνται στοιχειώδεις γνώσεις διαφορικού και ολοκληρωτικού λογισμού.
Αναλυτικό Περίγραμμα του Μαθήματος
- Μοριακές αλληλεπιδράσεις
- Δομή πρωτεϊνών και νουκλεϊκών οξέων
- Βιοφυσική των βιολογικών μεμβρανών
- Στοιχεία Στατιστικής Μηχανικής
- Προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής
- Στοιχεία κβαντικής Φυσικής
- Φασματοσκοπία CD
- Φασματοσκοπία IR, RAMAN
- Φασματοσκοπία NMR
- Φθορισμομετρία
- Κρυσταλλογραφία βιολογικών μακρομορίων
- Οπτική μικροσκοπία
- Ηλεκτρονιακή μικροσκοπία
- Μικροσκοπία ατομικών δυνάμεων (AFM)
- Οπτικές λαβίδες
Εργαστηριακές Ασκήσεις
Άσκηση με το Rasmol
Docking της ντοπαμίνης και του ανταγωνιστή της «ετικλοπρίδη» στον υποδοχέα της ντοπαμίνης D3R
Προσδιορισμός της Εδικής Θερμότητας cV (SpecificHeat) της ριβοσωματικής πρωτεΐνης ThX από δεδομένα προσομοίωσης Μοριακής Δυναμικής. Βελτίωση (Refinement) του μοντέλου της Ριβονουκλεάσης A με βάση τον χάρτη της πυκνότητας ηλεκτρονίων από δεδομένα περίθλασης ακτίνων X.
Χρήση του προγράμματος Coot.
Προσδιορισμός της ελεύθερης ενέργειας πρόσδεσης προσδέτη σε υποδοχέα με προσομοιώσεις μοριακής δυναμικής
Η επιτυχής διεκπεραίωση των εργαστηριακών ασκήσεων αποτελεί προϋπόθεση για την συμμετοχή στις τελικές εξετάσεις.
Τρόπος Αξιολόγησης
Οι φοιτητές βαθμολογούνται με βάση τις επιδόσεις τους στις γραπτές εξετάσεις στο τέλος του εξαμήνου.
Προτεινόμενα Συγγράμματα
- ΒΙΟΦΥΣΙΚΗ – Αρχές Φυσικής Βιοχημείας, Kensal E van Holde, Curtis , Johnson, Pui Shing Ho, ΕΜΒΡΥΟ, Αθήνα 2010
- Θέματα Μοριακής Βιοφυσικής, Σ. Ι. Χαμόδρακα, Εκδόσεις ΣΥΜΜΕΤΡΙΑ, Αθήνα 1993.
