Βιοπληροφορική
Θεωρία: 2 ώρες/εβδομάδα | Εργαστήρια: 2 ώρες/εβδομάδα | Μονάδες ECTS: 6
Περιεχόμενο – Σκοπός του μαθήματος
Το μάθημα αυτό διδάσκεται στο τέταρτο εξάμηνο σπουδών στους φοιτητές του τμήματος Βιοχημείας και Βιοτεχνολογίας. Περιλαμβάνει παραδόσεις δύο ωρών/εβδομάδα καθώς και τρεις δίωρες εργαστηριακές ασκήσεις. Απώτερος σκοπός του μαθήματος είναι η εισαγωγή στην ανάλυση δεδομένων με προγράμματα Βιοπληροφορικής. Στο πλαίσιο των παραδόσεων οι φοιτητές εξοικειώνονται με τις πιο διαδεδομένες βάσεις βιολογικών δεδομένων, παρουσιάζονται οι αρχές των αλγορίθμων και οι μέθοδοι ανάλυσης ακολουθιών (Sequenceanalysis), φυλογένεσης όπως επίσης και η ανάλυση δεδομένων γονιδιωματικής και λειτουργικής γονιδιωματικής.
Αναλυτικό Περίγραμμα του Μαθήματος
- Βάσεις Δεδομένων.
- Στιγμοπίνακες (Dotplots).
- Στοίχιση ακολουθιών κατά ζεύγη (pairwise alignment) – Δυναμικός Προγραμματισμός / Ευρετικές Μέθοδοι.
- Αναζήτηση ομόλογων ακολουθιών και εφαρμογές (BLAST / PSI-BLAST).
- Πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών / Motifs / profiles / HMMs – Αλγόριθμοι και εφαρμογές.
- Αλγόριθμοι φυλογένεσης και εφαρμογές.
- Γονιδιωματική – Τεχνολογίες αλληλούχισης νέας γενιάς (NextGenerationSequencing) – ανάλυση δεδομένων – εφαρμογές.
- Λειτουργική γονιδιωματική – Τεχνολογίες – ανάλυση δεδομένων – εφαρμογές.
- Επανάληψη της ύλης – συζήτηση.
Εργαστηριακές Ασκήσεις
- Εξοικείωση με τις πιο διαδεδομένες βάσεις βιολογικών δεδομένων
- Αναζήτηση ομόλογων ακολουθιών με το BLAST & PSI-BLAST
- Πολλαπλή στοίχιση και φυλογένεση με το πρόγραμμα Seaview
Η επιτυχής διεκπεραίωση των εργαστηριακών ασκήσεων αποτελεί προϋπόθεση για την συμμετοχή στις τελικές εξετάσεις.
Τρόπος Αξιολόγησης
Η βαθμολόγηση των φοιτητών προκύπτει κατά 25% από τον βαθμό της τελικής εξέτασης στις εργαστηριακές ασκήσεις και κατά 75% από τον βαθμό της τελικής εξέτασης στη θεωρία.
Προτεινόμενα Συγγράμματα
- Andreas D. Baxevanis & B.F. Francis Quellette. Βιοπληροφορική: Ένας πρακτικός οδηγός για την ανάλυση γονιδίων και πρωτεΐνών.
- Σοφία Κοσσίδα. Βιοπληροφορική – Δυνατότητες & Προοπτικές.
Εκπαιδευτικό Υλικό / E-class
Διδάσκων
