Μικροβίωμα: Από τον άνθρωπο στη γεωργία
ΒΒ5701 | Θεωρία: 2 ώρες/εβδομάδα | Εργαστήρια: 2 ώρες/εβδομάδα
Μαθησιακά αποτελέσματα
Σκοπός αυτού του μαθήματος είναι να φέρει τους φοιτητές σε επαφή με την έννοια του μικροβιώματος και των πολύ-επίπεδων εφαρμογών του από την Ιατρική ως την Γεωργία και το Περιβάλλον. Με την ολοκλήρωση του μαθήματος, οι φοιτητές αναμένεται:
- να γνωρίζουν την έννοια του μικροβιώματος και να κατανοήσουν τις βασικές αρχές που διέπουν την λειτουργία του στα διάφορα ενδιαιτήματα
- να γνωρίζουν τις βασικές ομικές μεθόδους ανάλυσης του μικροβιώματος και το είδος της πληροφορίας που παρέχουν
- να προσδιορίζουν τους βασικούς συντελεστές του μικροβιώματος και να διακρίνουν το λειτουργικό τους ρόλου σε κάθε ενδιαίτημα
- να γνωρίζουν τα βασικά εργαλεία ανάλυσης του μικροβιώματος και πως αυτά εφαρμόζονται
Αναλυτικό Περίγραμμα του Μαθήματος
- Μικροβίωμα: Εισαγωγή, βασικές έννοιες και ορισμοί
- Μικροβίωμα ανθρώπου: Το μικροβίωμα του εντερικού σωλήνα και του δέρματος και οι κύριες μικροβιακές ομάδες που το αποτελούν, λειτουργικός ρόλος βακτηρίων, αρχαίων, ιών και μυκήτων στο ανθρώπινο μικροβίωμα, αλληλεπιδράσεις μεταξύ μικροοργανισμών και ανθρώπου, παθογόνοι και ωφέλιμοι μικροοργανισμοί στο μικροβίωμα του ανθρώπου, μικροβιακή διαδοχή και λειτουργικός ρόλος στα διάφορα ηλικιακά στάδια
- Εφαρμογές του μικροβιώματος στην Ιατρική Πρακτική, Διάγνωση και Θεραπεία (π.χ. fecal transplantation)
- Μικροβίωμα εντόμων υγειονομικής σημασίας (κουνούπια, σκνίπες) και οικονομικής σημασίας (μέλισσα, κολεόπτερα, δίπτερα, λεπιδόπτερα), ρόλος και εφαρμογές στην καταπολέμηση εντόμων στην γεωργία και την υγεία
- Φυτικό Μικροβίωμα: Μικρο-οικοθέσεις στο φυτικό μικροβίωμα (φυλλόσφαιρα, καρπόσφαιρα, ριζόσφαιρα) και κύριοι μικροβιακοί παίκτες, ρόλος των μικροοργανισμών, αλληλεπιδράσεις μεταξύ μικροοργανισμών, αλληλεπιδράσεις φυτών – μικροοργανισμών, εφαρμογές του μικροβιώματος στην γεωργία
- Μικροβίωμα του εδάφους: σύσταση, δομή και λειτουργία των μικροοργανισμών, ωφέλιμοι και παθογόνοι μικροοργανισμοί ως μέλη του εδαφικού μικροβιώματος
- Μικροβίωμα του αέρα και των νερών: σύσταση και δομή, λειτουργία των μικροοργανισμών
- Μέθοδοι ανάλυση της σύστασης, δομής και λειτουργίας του μικροβιώματος: Μετα-ταξινομική ανάλυση μικροβιώματος, Μεταγονιδιωματική ανάλυση μικροβιώματος και λοιπές μετα-ομικές προσεγγίσεις, Εργαλεία και απαντήσεις που παρέχουν τα εργαλεία ομικής ανάλυσης των μικροβιωμάτων
Εργαστηριακές Ασκήσεις
- Ανάλυση βακτηριακού μικροβιωματος εντερικού σωλήνα με την χρήση εργαλείων βιοπληροφορικής (Βήματα στην ανάλυση, επιλογή παραμέτρων και εργαλείων)
- Reporting από τους φοιτητές για την πρώτη άσκηση, Συζήτηση των ευρημάτων και εξαγωγή συμπερασμάτων
- Ανάλυση μικροβιώματος μυκήτων στην ριζόσφαιρα φυτών με την χρήση εργαλείων βιοπληροφορικής (Βήματα στην ανάλυση, επιλογή παραμέτρων και εργαλείων)
- Reporting από τους φοιτητές για την πρώτη άσκηση, Συζήτηση των ευρημάτων και εξαγωγή συμπερασμάτων
Τρόπος Αξιολόγησης
Η επίδοση στο μάθημα αξιολογείται με βάση επίδοση των φοιτητών στο εργαστηριακό κομμάτι (30%) και τη γραπτή εξέταση στο θεωρητικό κομμάτι του μαθήματος κατά την εξεταστική περίοδο (70%).
Προτεινόμενα Συγγράμματα
- BROCK: ΒΙΟΛΟΓΙΑ ΤΩΝ ΜΙΚΡΟΟΡΓΑΝΙΣΜΩΝ, ΤΟΜΟΣ ΙΙ, 2016, ISBN 978-960-524-201-5, ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΡΗΤΗΣ
- DAVID L. KIRCHMAN – ΜΙΚΡΟΒΙΑΚΗ ΟΙΚΟΛΟΓΙΑ, 2021, ISBN 978-960-524-634-1, ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΑΚΕΣ ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΡΗΤΗΣ
